Bonaparte rétablit l’autorité de l’Etat en 1799 par un coup d’Etat. Il mobilise sur fond de patriotisme.
La question religieuse sera réglée par la signature du Concordat en avril 1802.  La Vendée sera rattachée au diocèse de La Rochelle. Le catholicisme est reconnu comme la religion de la grande majorité des français et le clergé est rétribué par l’Etat.
Bonaparte trouve Fontenay trop excentré pour être le chef-lieu et lui préfère la Roche-sur-Yon. Un plan de la ville est conçu comme un échiquier, ceinturé par de larges boulevards formant un pentagone. De la place centrale, 4 grands axes en direction des points cardinaux.
Il exempte d’impôts les habitations réalisées entre 1808 et 1812, accorde des crédits pour la réparation des églises et presbytères et pour l’achèvement de sa ville baptisée Napoléon.
En 1815, l’insurrection royaliste contre le retour de Napoléon ne mobilise pas les Vendéens.
En France, les régimes se suivent : restauration, monarchie constitutionnelle, république, jacobins et Second Empire, mais n’apportent pas la stabilité et seront accueillis plus ou moins bien en Vendée. Le Bocage et le Marais Vendéen sont plutôt légitimistes et la Plaine et le Marais Poitevin plutôt républicains.
La Vendée du XIXe n’a rien d’idyllique : dures conditions de vie, habitat en reconstruction, terres en friches, cheptel décimé.
Dans le bocage on abandonne la jachère, on défriche et on amende les terres pour une production intensive de betteraves et choux fourragers. La Vendée est le 1er producteur de chou fourrager en 1882 : est-ce bien là l’origine du « Ventre à choux » ?

Le département reste isolé. Ce n’est qu’en 1866 que le chemin de fer arrive à la Roche-sur-Yon. Fontenay reste à l’écart et Luçon bénéficie de son canal qui lui permet de maintenir une activité portuaire.

Les Sables développent des conserveries. L’industrie est représentée dans le centre par quelques industries textiles, papeteries et des mines de charbon à Faymoreau qui devront en outre faire appel à de la main d’œuvre étrangère, polonaise surtout, entre 1827 et 1958.

Fin XIXe les propriétaires de petit patrimoine font édifier des maisons bourgeoises au toit d’ardoises ; dans les bourgs, les petits commerces et les artisans sont en expansion et l’explosion démographique entraîne à nouveau un exode rural.
Ceux qui restent sont plus que jamais attachés à leurs valeurs. Chaque paroisse défend son identité au travers de son patois, son mobilier, sa coiffe pour les femmes. C’est l’époque des « préveil » et du « maraîchinage » qui autorise des relations pré-conjugales dans l’attente d’un mariage !

C’est également l’expression du catholicisme triomphant. On reconstruit les églises mais on les veut plus grandes, pour les grandes cérémonies et les processions, d’un modèle « classique » comme à Vouillé-les-Marais, Doix, Damvix, Ste Hermine. En 50 ans près de 150 églises seront reconstruites. De nombreuses croix de pierre sont édifiées aux carrefours des routes ou peintes au dessus des portes d’entrée dans les fermes. C’est l’époque des pélerinages comme à St Laurent/Sèvre où l’on chante « La Vendéenne ». Les prêtres sont de plus en plus nombreux, les Pères de Chavagnes, nombreux missionnaires comme Placide Chaigneau de Vix parti en Chine, les congrégations et institutions se multiplient : Union Chrétienne à Fontenay, Ursulines, Sœurs de Mormaison, Frères de St Gabriel, Collège Richelieu à Luçon, St Joseph à Fontenay. Le nombre d’écoles tenues par le clergé est en progression constante.

Mais, fin XIXe si les élections ne passionnent pas les Vendéens, il est un sujet qui les touche : l’Ecole. La question scolaire est au centre des enjeux électoraux. Les fantômes de l’Ancien Régime et de la Révolution pourraient ressurgir. C’est la montée de l’anticléricalisme et de la franc-maçonnerie. Quelle meilleure illustration à Fontenay que la Tour Rivalland construite par un riche franc-maçon et qui par un jeu de perspective, en se promenant dans l’allée du château de Terre Neuve, se retrouve dominant Notre Dame !

En 1890, le cardinal Lavigerie exhorte les catholiques à se rallier à La République.